至东晋，道教逐渐从低谷中崛起。其表现之一是，道教的神仙理论获得了重大发展，并初成体系。这以倡导神仙道教的理论家和实践家葛洪所著的《抱朴子·内篇》为标志。

　　葛洪（283—363年），字稚川，号抱朴子，丹阳句容（今属江苏）人。是东晋著名的道教理论家、炼丹家、医药学家。他一生著述不缀，养生修道，以丹鼎生涯终老。葛洪最有代表的著作是《抱朴子》一书。全书分为《内篇》和《外篇》。《内篇》讲神仙方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪却祸，属道家；《外篇》言人间得失、世事臧否，属儒家。

　　葛洪《抱朴子·内篇》总结了战国以来神仙家的理论；又继承魏伯阳的炼丹理论，集巍晋炼丹术之大成，所举仙经神符，多达282种。当代著名道教学者王明先生在《抱朴子内篇校释》的序言中谓：“总的来说，《抱朴子·内篇》是道教史上一部具有比较完整的理论和多种方术的包罗万象的重要著作。”《内篇》充实和发展了神仙道教的学说，促使道教转向以追求长生成仙为最高目标，在道教思想教义的发展史上具有重要的地位。《内篇》的问世，标志着金丹道教神仙理论体系的确立，同时，也标志着上层神仙道教勃兴的开始。

　　表现之二是，继葛洪之后，又出现了传授经系而形成的上清、灵宝、三皇等道教经箓派。

　　《上清经》系是由巍华存（252—334年）创始，由杨羲（330—387年）、许谧（？—376年）共同完成的，其主要经书为《上清大洞真经》及《黄庭经》等；《灵宝经》系是由葛巢甫（葛洪的族孙）所撰作而成，其主要经书为《元始无量度人经》；《三皇经》系是由西晋鲍靓传《三皇文》至东晋而显于世的，道教所说的《三皇经》，包括《三皇文》和《五岳真形图》。

　　《上清经》系的问世是杨羲和许谧、许翙继葛洪之后对神仙道教的又一次改革和发展，它为道教茅山宗的形成奠定了基础。上清派其修行理论认为人身中各部位均有真神镇守，修道者思神服气、叩齿咽液、固精安神，辅以诵经念咒，便可以内保脏腑，外却灾邪，飞生成仙。上清派着重个人修炼，开创人物又均系高门士族出身，有教高的文化修养，因而易被上层社会所接受和赞赏，这是此派能够不断发展壮大的原因之一。

　　灵宝派以重视符箓科教和斋戒仪轨，注重劝善度人，宣称“普度一切人”。灵宝派在修持方法等方面，吸收了天师道和上清派的长处，使它的宗教活动能吸引群众，成为晋末宋初很有社会影响的大道派。后衍变为阁皂宗。

　　巍晋时期，除上述葛洪金丹派神仙道教、上清派、灵宝派外，还有李家道、帛家道、于君道等较有影响的道派。另外，有显于后世的楼观道、龙虎宗、净明派，都可以追溯的巍晋时期。